Посёлок Неа Потидеа был построен в 1923 году греческими беженцами из Восточной Фракии и Кололимнос на месте, где первоначально находилась древняя Потидеа.
Древняя Потидея была основана приблизительно в 600 году до нашей эры на перешейке полуострова Палини.
Как видно из названия, покровителем города был Посейдон. Во время похода Ксеркса на Грецию в 480 г. до н.э. город после осады пал под натиском врага. Однако, год спустя город был восстановлен и выдержал осаду Артабаза. В том же году, Потидеа была единственным городом Македонии, который совместно с другими греческими полисами приняла участие в битве при Платеях.
В 349-348 гг. до н.э. Потидеа, в числе других городов полуострова Халкидики, вошла в состав Македонского царства.
После почти 40 летнего запустения, приблизительно в 316 г. до н.э. на месте разрушенной Потидеи царь Македонии Кассандр основал новый город, которому дал свое имя: Кассандрия. Вплоть до завоевания Македонии римлянами в 168 году до н.э. Кассандрия была одним из наиболее могущественных городов Македонии. К данному периоду, вероятно, относится и открытие канала, который значительно облегчал навигацию и дал толчок развитию торговли и экономики.
В 168 году до н.э. город был завоеван римлянами и познал новый период своего расцвета.
Упадок города связывают с нападениями гуннов, вторгшихся в 540 г. до н.э. в Македонию. И так, несмотря на все усилия Юстиниана в 14 веке н.э. источники говорят о полном запустении города. Ремонто-восстановительные работы оборонительной крепостной стены, служившей защитой для всего полуострова, были проведены в 1407 году Иоанном VII Палеологом и позже – венецианцами. В 1430 году город был покорен турками.
В период национально-освободительной борьбы в 1821 году старые укрепления были восстановлены и повторно использованы, и в то же время канал вновь начинает функционировать.
В 1821 году в крепости укрывались восставшие жители полуострова Халкидики, которые отважно сражались до полного «уничтожения Кассандры», известного как «массовое истребление». День памяти холокоста Кассандры ежегодно отмечается со всей торжественностью 14 ноября.